。根据大明朝廷的制度，六部各设有尚书一人(正二品)、左右侍郎各一人(正三品)，都察院设有左右都御使(正二品)、左右副都御史(正三品)、左右全都御史(正四品)，下辖十三道监察御史一百一十人。
这些机构南京也是有的，但与北京六部仍有区别：南京的六部是没有左侍郎的，吏部的衙门也没有员外郎，南京都察院也没有左都御史。
南京六部平时基本上没有什么事，比如南京刑部只能管理南京的案件，别的地方的案件无权审理；南京的吏部也是只能考核南京地区的官员。大部分的南京衙门都是养老的圣地，大家从北京退休就到南京享受待遇，不亦快哉。
但是这并不代表南京的衙门就不重要了，作为巩固大明帝国陪都的系统，南京六部在关键时刻(比如说清兵入关)还是能发挥作用的，至少直接就能接管半壁江山，可见平时大家都认可“南京管理南方” 这一思路。不过平时南京的最高行政机构却不是南京的六部，而是南京的“守备会议” 。
南京平时是设立一个守备的，作为替天子看守南京的存在，南京守备大部分都是王公大臣，其中绝大多数时候由魏国公出任。而由守备、参赞、内守备等官组成的守备厅会议，则是南京最高权力所在。
这个组成有一定的制度性，其中南京参赞机务是南京兵部尚书兼任的，所以南京兵部尚书也是南京六部里面作为特殊的存在，它确实是有实权的，而且实权很大，所谓：“故其职视五部为特重云”。
北京六部里面吏部尚书被称为“天官”，可以掌握四品以下官员的升迁任免，对于更高级官员的任免、调整，天官也有极强的建议权。但是南京六部里面则以南京兵部最强，可以掌握南京地区所有的军队训练和守备军费，也就是说南京兵部尚书在关键时刻可以调动军队支援北京。
不过南京的六部毕竟是陪都的六部，实际上无论干什么都得被北京六部牵制。比如说南京的礼部想要举行祭祀活动就得先请示北京礼部；南京吏部的官员选拔被北京吏部掌握；南京户部的财政虽然自己去收，但收完之后得上交给北京户部……诸如此类。
所以实际上也有不少南京官员感觉很憋屈，毕竟虽然名字差不多，官员地位(指行政级别)按理说也一样，但是实际上北京官员是正妻，南京官员只能算妾侍。
申时行的看法是，高务实可能会利用南察掌控南京六部实际管理各项事务的郎中、主事们——与北京六部一样，尚书、侍郎不可能亲自管理到具体细节，细节事务的管理权都在各部各司郎中和主事的手上。
郎中正五品，主事正六品，都在南察的范畴之内。在申时行看来，高务实要直接换掉南京六部的堂上官还是很难的，但如果只是换一些郎中、主事之流，在祭出了海刚峰之后，那就完全可能办到，而这样也能实际掌控南京的行政体系——反正尚书侍郎们在大事上也得听北京的，这么做等于把南京六部架空，上下两不挨。
至于守备会议，南京守